佛教寺庙是拜佛的地方。日本的每个市或者县内至少会有一座寺庙，像京都那样大型文化都市，则有数以万计的寺庙。

寺庙供奉佛像，存放佛教物品，有些寺庙至今仍然被很好的运营着。典型的日本寺庙结构如下：

图例：奈良的东大寺主殿。

主殿

在日本，主殿也经常被叫做"金堂"、"本堂"、"佛殿"、"阿弥陀堂"或"法堂"。佛像等，被陈列在主殿。

图例：京都的东寺的讲经殿。

讲经殿

讲经殿用于讲经和会议，常常也作为展示厅，展示一些佛物法器。在日语中，讲经殿被叫做讲堂（koudo）。

图例：奈良的兴福寺的三重塔。

塔

塔，源自印度佛教的浮屠，经过长年演变形成现在的样子。通常，塔有三层(三重塔)或五层(五重塔)。塔是用来保存佛祖遗骨的。比如一粒牙齿。现在通常只是一个象征而已。

图例：镰仓的建长寺的三门。

门

门是寺庙的入口，通常有一道大门在最外侧，从大门进入后，可能还会有许多道门设在通向主殿的通道上。

图例：镰仓的建长寺的大钟。

钟

在新年夜，寺庙的钟会被敲响108次，这代表佛教中的108种烦恼。

墓地

日本多数墓地都是佛教形式，并被设置在寺庙里。一年中，人们会定期或不定期的给他们的祖先扫墓，特别是在盂兰盆节、周年纪念日、春分和秋分的时候。

参观寺庙的最佳选择是去京都、奈良或者镰仓。在寺庙寄宿过夜的话可以选择高野山。

部分日本著名的寺庙

京都

• 京都高台寺 为了纪念丰臣秀吉而修建的寺庙。除了壮观的寺庙殿堂以外，还以其小竹林、由当时一代大师设计的拥有時雨亭茶室的回游式庭园而闻名。
• 日本龙安寺 以其枯山水庭院而闻名的禅宗寺庙。位于京都西北部的一座禅寺。
• 日本南禅寺 拥有枯山水庭院的禅宗寺庙。是日本最重要的禅宗寺院之一。
• 京都本愿寺 西本愿寺和东本愿寺是京都中心的两大寺庙。日本最大的佛教宗系净土真宗的两大派系的大本山总寺，是体验日本佛教氛围的好去处。
• 京都仁和寺 由以前的皇居改建成的寺院。以多种不同建筑和广阔空间内的庭园而闻名。已经被联合国教科文组织列入世界文化遗产名录。
• 日本银阁寺 银色的亭子，但覆盖在外面的并不是真的银子。一座位于京都东山脚下的禅寺，正式名为东山慈照寺。
• 日本天龙寺 京都岚山地区的禅寺，被评为京都五大禅寺之首。
• 京都大原 京都北部一个以三千院而闻名的乡村。
• 日本平等院 拥有美丽陆地花园的寺庙。以其日本仅存少数的净土庭院之一，并且是其中最美丽的净土庭院而闻名。
• 日本金阁寺 一座舍利殿，金色的亭子，但覆盖在外面的并不是真的金子。
• 京都清水寺 以其大型看台而闻名的寺庙。是日本最有名的寺院之一。属于日本最古老的佛教宗派法相宗。被列入世界文化遗产的之中。
• 知恩院 日本佛教净土宗的总寺。其大门—三门是全日本最大的寺院山门，其知恩院钟是日本是日本最大的梵钟。
• 日本延历寺 日本历史上具有重要意义的寺院。它是日本天台宗总本山，天台宗成为后来发展出净土宗、禅、日莲系诸宗派。
• 日本醍醐寺 京都南部的著名寺庙。已经被列为联合国教科文组织世界文化遗产。
• 日本东福寺 日本最壮观（也是最拥挤）的红叶观赏地之一。被联合国教科文组织列入京都的世界文化遗产。
• 京都东寺 以其高达57米日本最高的五重塔、寺内的主殿(kondo)安放的佛像、讲堂(kodo)而闻名。东寺是京都的世界文化遗产之一。
• 日本大德寺 众多寺庙组成的禅道寺院。大德寺是日本佛教临在宗的本寺，被认为是在日本体验禅道的最好地点之一。
• 日本三十三间堂 三十三间堂是莲华王院现在所流传的名字，它是位于京都东部的一座寺庙，以1001座观音 像而闻名。

奈良

• 奈良唐招提寺 由鉴真和尚在759年修建，储藏着鉴真的坟墓和Miedo。寺庙的讲堂是现存唯一的前宫殿建筑。
• 奈良法隆寺 日本最古老的寺庙之一，世界上历史最悠久的木结构寺庙。
• 奈良东大寺 供奉着日本最大的佛陀雕塑的巨大寺庙，也是世界上最大的木结构建筑。日本最有名和历史上最重要的寺庙之一，同时它也是奈良的地标建筑。
• 奈良兴福寺 曾是藤原家族的寺庙。其拥有的5重塔是日本最高的宝塔之一，而且还是奈良的象征。
• 奈良药师寺 日本最古老的寺庙之一。拥有日本佛教艺术的杰作药师三人行的雕像。

姬路

• 日本书写山圆教寺 书写山是圆行寺的所在地，一座超过1000年悠久历史的宁静的寺庙建筑群。出现在电影“最后的武士”里面。

成田

• 日本成田山 离成田机场不远的著名寺庙。是成田市的一个大型和著名的佛教寺庙建筑群。主要供奉着佛教不动明王雕像。

日光

• 日本轮王寺 日光最重要的庙宇，寺院的主建筑“三佛堂”，由巨大的房间，黄金涂漆以及释迦如来，千手观音和马头观音的木质雕像组成。

福冈

• 圣福寺 日本的第一个禅宗寺庙。

镰仓

• 日本镰仓大佛 阿弥陀的黄铜雕像，位于高德院寺庙中，高13.35米，是日本第二大佛像。
• 日本长谷寺 净土的宗寺庙，以慈悲菩萨观音雕像闻名，这座雕像被认为是日本最大的木制雕刻品。
• 日本圆觉寺 禅宗离盖宗圆觉寺派的主要寺庙，排在镰仓五大禅宗寺庙中的第二位。
• 建长寺 禅宗离盖宗圆覚寺派的主要寺庙，排在镰仓五大禅宗寺庙中的第一位。

长崎

• 日本崇福寺 具有中式风貌的黄檗宗派禅寺。为长崎的中国居民而建。